Gichin Funakoshi được dân chúng Okinawa xem như một vị anh hùng vì ông là người chính thức đại diện cho nền võ thuật Karate của hòn đảo Okinawa bé nhỏ để đem chuông đi đánh xứ người, dáng người ông không cao lớn nhưng ánh mắt lộ đầy nét uy nghiêm đoan chính, hiểu biết thuần thục nền văn hoá lễ nghi của Nhật Bản, bản tính khiêm tốn là những gia tài lớn nhất mà ông mang theo sang nước Nhật. Sang Nhật với lần biểu diễn đầy ấn tượng về môn Karate trước công chúng và các nhân vật đại diện Hoàng gia Nhật Bản tại Kyoto, nhưng đứng trước sự lạnh lùng chưa sẵn sàng chấp nhận của dân Nhật với môn Karate, Gichin dù là một người thuộc dòng danh giá tại Okinawa ông vẫn vui vẻ sống một cuộc sống rất đạm bạc tại đất khách quê người, sau nhiều năm chọn lựa ông quyết định di chuyển đến Tokyo để sinh sống với những người đồng hương nghèo khổ lưu lạc tại đất Nhật, ăn ở tại một khu sinh hoạt dành cho sinh viên nghèo nằm ngay cổng ra vào, ông làm những công việc tay chân để sinh sống và tiết kiệm đến mức tối đa tất cả cho lý tưởng mai sau của mình, ông chấp nhận một chân lao công chuyên dọn dẹp các phòng học, nhà ngủ cho sinh viên, vào ban đêm ông mở lớp võ Karate cho nhiều người tập luyện. Sau 2 năm chịu khó ông đã dành dụm đủ số tiền để mở võ đường Karate đầu tiên của mình tại ngoại ô Shichi Tokudo, một mảnh đất nhỏ rẻ tiền tại Tokyo.

Funakoshi đã được đào tạo chủ yếu theo hai phong cách phổ biến của karate Okinawa thời bấy giờ: Shōrei-ryū và Shōrin-ryū . Shotokan được đặt tên theo tên bút Funakoshi của, Shoto ( 松濤 ), mà có nghĩa là "cây thông" (cây tùng). "Kan" (館) có nghĩa là trường, quán hoặc ngôi nhà, do đó, Shotokan được gọi là "Tùng đào quán". Tên này được đặt ra bởi các học sinh của Funakoshi khi họ đăng một tấm biển phía trên lối vào hội trường nơi Funakoshi dạy. Ngoài việc là một bậc thầy karate, Funakoshi còn là một nhà thơ và nhà triết học nhiệt thành, người sẽ đi dạo trong rừng, nơi ông sẽ ngồi thiền và viết thơ.

Karate chính thức giới thiệu ở Nhật Bản vào năm 1922, khi Gichin Funakoshi được Bộ Giáo dục Nhật Bản mời đến Tokyo để thuyết trình và biểu diễn Karate. Sự đón nhận của người dân Nhật Bản đã khiến ông lưu lại đây và dạy Karate ở một số trường đại học. Hai năm sau, Đại học Keio chính thức thành lập võ đường karate đầu tiên.

Trong 10 năm từ khi mở võ đường chính thức tại Nhật, ông đào tạo nhiều thế hệ Karate đầu tiên của Nhật thật vững chải, tuy nhậm nhưng chắc chắn, vì là một người tôn trọng căn bản ông dành rất nhiều và hầu hết thời gian huấn luyện cho những môn đồ của mình các bài Kata quan trọng. Vài môn đệ lớn của ông tỏ ra bất bình trước sự tập luyện nhàm chán của thầy mình nên quyết định tách riêng võ đường ra 2 nhánh và bắt đầu áp dụng các cuộc song đấu Jiyu Kutemi (song đấu tự do) cho các lớp họ được thầy giao trách nhiệm giảng dạy, họ tự quyền chế ra các áo giáp bảo hộ an toàn, lập một số luật chiến đấu để tập luyện với nhau. Khi biết chuyện này, Gichin Funakoshi rất buồn lòng vì ông cho rằng một số môn đệ của mình đã đi ngược lại giá trị tôn trọng hoà bình của môn Karate, nhưng ông đã đứng ra mạnh mẻ ngăn cản một số môn đệ trung thành của mình vốn rất muốn đi giải quyết “ân oán” với nhóm loạn đồ tạo phản, ông quyết định không bao giờ về lại võ đường tại Shichi Tokudo một lần nào nữa. Võ sư Gichin Funakoshi tuyệt đối tin theo truyền thống tập luyện của Karate từ Okinawa, ông đặt nặng phần luyện tập căn bản Kihon trong những năm đầu của bất cứ môn sinh nào thụ huấn Karate truyền thống. Hành trang Karate mang theo đất Nhật của ông có tất cả 16 bài Katas: Kankudai, Kankusho, 5 bài Heian kata , 3 bài Tekki kata (nguồn gốc là Naihfanchi kata hay Naihanchi kata được Gichin sửa đổi trên tấn kiba), Wanshu (sau đổi tên là Empi), Chinto (sau này là Gankaku), Passai (sau này là Bassai), Jitte, Jion, và Seisan, quá đủ để luyệt suốt đời người. Những bài kata ông chỉ bắt đầu dạy cho môn đồ sau khi có trình độ kihon thật vững chắc. Suốt 3 năm khổ luyện quyền đặc biệt là 2 bài ưng ý nhất của ông là bài Pinan và Naihfanchi, sau khi thấm nhuần 2 bài này đến trình độ biến chúng thành bản năng tự nhiên các học trò mới được dạy và tập luyện các bài cao hơn – Đó chính là lề lối luyện Karate đầy khiêm tốn của ông và sau này là đường lối chính của hệ phái Shotokan danh tiếng. Cũng bởi những tập luyện rất gian khổ nầy mà các môn đệ của ông đã thật sự thành danh khắp nước Nhật, sớm đưa Karate thành tài sản quốc gia Nhật Bản, tạo nên những giá trị tin thần của dân Nhật trong suốt thời gian chiến tranh và kiến tạo hoà bình.

Năm 1930, Funakoshi đã thành lập một hiệp hội có tên Dai-Nihon Karate-do Kenkyukai để thúc đẩy giao tiếp và trao đổi thông tin giữa những người nghiên cứu karate-dō. Năm 1936, Dai-Nippon Karate-do Kenkyukai đổi tên thành Dai-Nippon Karate-do Shoto-kai.  Hiệp hội ngày nay được gọi là Shotokai , và là người giữ chính thức di sản karate của Funakoshi.

Khi ở lục địa Nhật Bản, ông đã thay đổi các ký tự viết của karate thành "bàn tay không" thay vì "bàn tay Trung Quốc" (手) (nghĩa là triều đại nhà Đường ) để làm giảm đi mối liên hệ của nó với thiếu lâm Trung Quốc. Funakoshi cũng lập luận trong cuốn tự truyện của mình rằng một đánh giá triết học về việc sử dụng "trống rỗng" dường như phù hợp vì nó ngụ ý một cách không ràng buộc với bất kỳ đối tượng vật lý nào khác.

Tái giải thích của Funakoshi của cụm từ "kara" trong karate có nghĩa là "trống rỗng" ( 空 ) chứ không phải là "Trung Quốc" ( 唐 ) gây ra một số căng thẳng với truyền thống sao lưu ở Okinawa, khiến Funakoshi ở lại Tokyo vĩnh viễn. Năm 1949, các sinh viên của Funakoshi đã thành lập Hiệp hội Karate Nhật Bản (JKA), với Funakoshi trở thành chủ tịch danh dự của tổ chức. Tuy nhiên, trong thực tế, tổ chức này được lãnh đạo bởi Masatoshi Nakayama.